马岛于1841年沦为法殖民地。1974年12月，科四岛就独立问题举行全民公决，95.96%的居民赞成独立，但大部分马岛居民反对独立。法借此提出科四岛分别就独立问题重新投票。1975年7月6日科自治政府宣布包括马岛在内的整个科群岛独立。联合国于1975年11月12日通过3385号决议承认科领土由大科摩罗、昂儒昂、莫埃利和马约特四岛组成。法虽同意科独立，但坚持马岛前途由马民众自决。1976年12月，马岛就独立问题再次举行公民投票，99.4%的民众选择留在法国，法遂确定马岛为“法兰西共和国领地行政单位”（CollectiviteTerritoriale）。法在该岛设有海军基地。从1995年1月20日起，法决定科摩罗人进入马岛需办理签证。2010年以来法正着手将马岛由法的“海外领地”变为“海外省”。
科历届政府均要求法归还马岛。联合国和非洲统一组织多次通过决议，重申马约特是科领土，科对马岛拥有主权。
重要城镇

大科摩罗岛（Grande Comore） 莫罗尼市 （Moroni）
马约特岛 （Mayotte）
藻德济（Dzaoudzi）
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